Le débat est agité autour du DPI de
sexe. Il est maintenant couramment admis pour éviter la transmission de
maladies génétiques liées au chromosome X, par contre il est largement condamné
pour le « family balancing ». Il existe un cas où le DPI de sexe peut être
effectué alors que la pathologie n’est pas liée au sexe, il s’agit des maladies
mitochondriales. Les maladies mitochondriales se transmettant par les
mitochondries issues de la mère (celles contenues dans l’ovocyte, les
mitochondries du spermatozoïde étant éliminées lors de la fécondation), le DPI
présenterait des avantages en ne sélectionnant que des embryons mâles pour qu’à
la troisième génération le risque de transmission de la maladie soit totalement
éliminé. Le DPI permet d’éviter des prises de décisions difficiles en matière
de reproduction pour les grossesses à venir et, de manière indirecte, pourrait
permettre d'éviter la transmission de la mutation aux générations futures
(Bredenoord, 2010). En France, ce genre de diagnostic n’est pas autorisé, de
même que l’on n’écarte pas les embryons hétérozygotes dans les maladies
récessives.