Pour un couple entamant une procédure de DPI, les difficultés sont triples. Il y a des contraintes légales, mais aussi des contraintes imposées par la fécondation in vitro, ainsi que des limitations dues aux limites de la biologie moléculaire (nombre restreint de diagnostics disponibles). Pour espérer bénéficier d'un DPI, le couple doit avoir une forte probabilité de donner naissance à un enfant atteint d'une maladie génétique d'une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic. L'anomalie ou les anomalies responsables d'une telle maladie devront être préalablement et précisément identifiées. Le diagnostic ne peut avoir d’autre objet que de rechercher cette anomalie, et il ne peut être réalisé que dans un établissement spécifiquement autorisé à cet effet par la commission nationale de médecine et de biologie de la reproduction et du diagnostic prénatal (CNMBRDP). Les deux parents doivent avoir consenti par écrit à la réalisation du diagnostic. Une difficulté pour le couple est aussi la nécessité de passer par la FIV, qui exige une discipline de fer avec des traitements hormonaux lourds. Les patientes sont en général très affectées physiquement et psychologiquement, d’autant plus que le taux de grossesse est faible. Les délais d’attente sont parfois extrêmement longs et le couple doit répondre aux mêmes exigences que tous les autres couples tentant une FIV : "L'homme et la femme formant le couple doivent être vivants, en âge de procréer, mariés ou en mesure d'apporter la preuve d'une vie commune d'au moins deux ans et consentant préalablement au transfert des embryons" (article L 2141-2 du code de la santé publique).
