C’est le cas des maladies à expansion de triplets (myotonie de Steinert, X-fragile, Chorée de Huntington, Machado-Joseph…). Seules les répétitions non pathologiques peuvent être amplifiées et l’absence d’amplification atteste de la présence d’une expansion pathologique. La sélection des embryons est donc basée sur la présence des deux allèles sains distincts provenant des deux parents. Dans les pathologies liées au chromosome X, le diagnostic est basé sur la présence de l’allèle sain de la mère et du chromosome X du père (figure 1). Une absence de signal est donc le reflet d’un garçon atteint mais il peut aussi s’agir d’un ADO ou d’une absence d’amplification due à un problème de PCR. Dans les configurations non informatives, si les deux parents ont un allèle en commun, il n’est pas possible de distinguer les embryons sains d’embryons atteints (figure 2) et de ce fait on réduit le nombre d’embryons pouvant être réimplantés. Pour palier à cette difficulté, il faut disposer d’un panel de plusieurs marqueurs (étude indirecte conjointe), ou bien on peut encore utiliser la « TP-PCR » mais qui est difficile à mettre au point car il s’agit d’amplifier l’expansion de triplets.
