On va d’abord chercher à identifier les allèles des parents et observer leur ségrégation dans la famille. On regarde alors quel allèle est transmis à le ou les enfants atteints et lesquels sont transmis aux enfants sains. L’analyse indirecte est effectuée en général lorsque l’on ne peut pas étudier la mutation en direct, ou bien lorsque celle-ci n’est pas connue, ou bien encore dans le cas où l’on ne désire mettre au point qu’un seul diagnostic pour une maladie où les mutations responsables sont différentes pour chaque famille. Si possible cette analyse indirecte est effectuée conjointement à l’analyse directe pour améliorer la sécurité du diagnostic, pratique qui se fait de plus en plus grâce à la possibilité d’amplifier plusieurs marqueurs à la fois. L’analyse indirecte se fait à l’aide de marqueurs polymorphes, en général des microsatellites. Les microsatellites sont des fragments d'ADN constitués de répétitions d'une même séquence du code génétique. Il existe différentes sortes de séquences telles que : ACACACACAC…, TCTCTCTC…, le nombre de répétitions du motif pouvant varier de quelques unités à plusieurs dizaines selon les individus, on appelle cela le polymorphisme. Après amplification de ces séquences par PCR, on peut séparer chaque microsatellite amplifié en fonction de sa taille (les fragments les plus courts migrant plus rapidement dans le gel), et chaque fragment obtenu sera en quelque sorte représentatif du chromosome d’où il provient. Les marqueurs utilisés doivent être le plus proche du gène afin d’éviter un risque de recombinaison, en général on essaye de choisir des marqueurs intragéniques et des marqueurs situés de part et d’autre du gène responsable de la maladie. D'un point de vue pratique, c'est également une méthode rapide et peu coûteuse à mettre en œuvre.
