Les fragments d’ADN sont chargés négativement. Placés dans un champ électrique, ils vont se déplacer de la cathode vers l’anode (l'analyse se fait par électrophorèse). Leur masse moléculaire va régler leur vitesse de déplacement à travers les mailles du gel dans lequel ils ont été placés. Plus les fragments sont petits, plus ils vont migrer rapidement et donc loin de leur point de départ. Ainsi, il sera possible de discriminer les deux allèles d’un individu (pourvu qu’ils soient de tailles différentes) et aussi distinguer deux individus différents s’ils possèdent des allèles séparés.
