Les critiques sont difficiles à recevoir dans le cas des maladies à pénétrance complète comme la maladie de Huntington, ou le syndrome de CADASIL où la personne porteuse de la mutation aura immanquablement les symptômes dans le futur. L’utilisation du DPI pour les personnes porteuses du gène désirant choisir des embryons exempts de la maladie est généralement acceptée. L’utilisation pour celles désireuses de ne pas connaitre leur statut mais souhaitant être sûres de ne pas avoir d’enfant porteur l’est moins, même si en France cela reste possible. Ce genre de test peut mettre les praticiens dans l’embarrât, dans le cas où il n’y ait pas d’embryons transférables et renseigne le patient sur son statut, dans le cas où il faille faire plusieurs DPI pour rien alors que le patient n’est pas porteur, ou bien s’il doit transférer de « faux » embryons pour faire comme si il y avait eu des embryons disponibles. Pour éviter ce genre de désagrément, il est possible de ne pas rechercher la mutation mais de ne pas réimplanter les embryons porteurs des haplotypes du grand-parent malade (test d’exclusion). Cette technique, facile à effectuer en pratique, présente toutefois de nombreux inconvénients : on doit disposer de l’ADN des grands parents, ce qui n’est pas toujours le cas, et les marqueurs utilisés pour repérer les chromosomes doivent être informatifs, c’est à dire qu’ils doivent être différents d’un individu à l’autre
