En 1992, l’apparition des marqueurs microsatellites permettent l’analyse du polymorphisme humain et entre autre l’analyse indirecte des mutations (Hubert, 1992). Les diagnostics ne se borneront plus seulement à l’analyse de la mutation, et il faudra trouver de nouvelles méthodes d’amplification plus robustes afin d’analyser plusieurs marqueurs. La co-amplification de plusieurs marqueurs commencera dès 1993 (Monk, 1993). L’année d’après on amplifiera plusieurs mutations (familles d’hétérozygotes composites) en mettant au point un DPI de mucoviscidose basé sur la détection simultanée de deux mutations différentes (Avner, 1994). La même année, premiers DPI après « whole genome amplification » qui permet d’amplifier l’ADN d’une cellule en grande quantité (Snabes, 1994, Kristjansson, 1994), méthode qui malgré des débuts prometteurs sera abandonnée puis remplacée en 2004 par la méthode « MDA ». En 1995, premiers tests sur des cellules issues du stade blastocystes (Muggleton-Harris, 1995). L’apparition de la PCR fluorescente en 1996 va révolutionner le DPI et simplifier les analyses (Finlay, 1996). Premier DPI par biopsie des deux globules polaires (Verlinsky, 1997). Les méthodes se diversifient (En 1997, par SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism), en 2003, DPI par minisequencing). Première naissance pour HLA matching après DPI de Fanconi en 2001(Verlinsky, 2001), suivies de DPI pour HLA seul. En 2010, la faisabilité du « karyomapping » est établie (Handyside, 2010), qui permet l’étude du génome entier à l’aide des SNPs.
