Un problème important avec la biopsie de globule polaire et/ou de blastomère est le peu de matériel qui est disponible, et qui peut mener à un diagnostic génétique imprécis et incertain. La biopsie d'embryon à l'étape de blastocyste permet de répondre à plusieurs de ces problèmes. En effet, l'embryon peut contenir jusqu'à 300 cellules ainsi plus de cellules peuvent être enlevées sans effet néfaste apparent. En outre, parce que la biopsie de blastocyste est basée sur le prélèvement préférentiel des cellules plus accessibles du trophectoderme, la masse intérieure de cellules qui est destinée à devenir le fœtus proprement dit est peu susceptible d'être endommagée. La biopsie de Blastocyste a lieu le jour cinq ou six après fertilisation et implique de faire un trou dans la zone pellucide afin de prélever des cellules. Par contre il faut rendre les résultats rapidement car le transfert se fait normalement à J5-J6. Cette technique a d’abord été employée avec succès chez la souris, avec un taux élevé de survie d'embryons. Au début de l’existence du DPI, elle n'a pas été souvent employée chez l'Homme en raison de la difficulté à cultiver des embryons à l'étape blastocyste. Cependant, le développement de milieux de culture spécifiquement conçus pour la culture à long terme, pourrait encourager une plus grande utilisation de cette technique prometteuse. En conclusion cette méthode permettrait une meilleure implantation et un plus grand taux de grossesses. Des naissances ont déjà été rapportées après DPI et biopsie de blastocyste
