La plupart des pays et organisations acceptent la sélection génétique en fonction du sexe pour des raisons génétiques afin de prévenir la naissance d’un enfant avec une maladie grave. Il existe néanmoins plusieurs cas de figure ; la recherche peut s’effectuer dans des familles où il y a une maladie qui touche exclusivement les garçons et où la mutation n’est pas identifié, auquel cas on recherchera à réimplanter uniquement des embryons féminins. Là se pose le problème de jeter des embryons masculins sains. La deuxième possibilité s’offre lorsque la mutation est connue, auquel cas on pourra réimplanter des filles et des garçons exempts de la maladie. Là se pose le problème : doit on réimplanter les embryons féminins porteurs de la mutation, mais qui seront non affectées par la maladie mais qui risque de transmettre une maladie grave à sa descendance. Une situation encore plus complexe est celle où les garçons sont atteints, mais où les filles peuvent être à risqué accru de développer les symptômes (exemple du X-fragile).
