Le sang contenu dans le cordon ombilical est recueilli après que le cordon a été sectionné. Puis une aiguille connectée à un sac est insérée dans la veine du cordon. Ce dispositif permet la collecte de 10 à 250 ml de sang. Le sang est ensuite analysé pour les agents infectieux et son type tissulaire est déterminé. Enfin, le sang de cordon est traité pour en enlever les hématies et le plasma pour en réduire le volume (on obtient une couche appelée buffy coat). On y ajoute du DMSO (Dimethylsulfoxide) avant de le stocker dans l'azote liquide (-150°C) pour une utilisation ultérieure. Le patient reçoit ces cellules souches par simple voie intraveineuse.
